Từ khi phát hành, khán giả đã phát hiện sự tương đồng trong phần nhạc nền của "Em của ngày hôm qua" với "Every night", một ca khúc đến từ nhóm nhạc Hàn Quốc EXID.[6] Sơn Tùng M-TP sau đó đã gửi thư đến ban tổ chức của chương trình Bài hát yêu thích xác nhận về việc sử dụng nhạc nền có sẵn có nguồn gốc nước ngoài để sáng tác nhạc và lời cho các ca khúc riêng của mình, bao gồm "Em của ngày hôm qua" và hai ca khúc khác từng xuất hiện trên bảng xếp hạng của chương trình.[7] Nhưng sau đó anh đã khẳng định rằng mình không đạo nhạc mà chỉ "được lấy cảm hứng từ [nhạc nền] nước ngoài," cũng như cho rằng đó là cách làm quen thuộc của mình và là xu hướng sáng tác hiện tại của nhiều người.[8]

Ngày 14 tháng 6 năm 2014, ban tổ chức của Bài hát yêu thích đã quyết định loại bỏ "Em của ngày hôm qua" và hai ca khúc khác của Sơn Tùng M-TP ra khỏi bảng xếp hạng vì đã vi phạm khi sử dụng bản phối không xin phép, không rõ nguồn gốc và tên tác giả.[9] Tuy nhiên, ban tổ chức đã không thu hồi hai giải Bài hát yêu thích mà Sơn Tùng M-TP đã nhận.

Báo Allkpop của Hàn Quốc chỉ trích Sơn Tùng M-TP không chỉ đạo nhạc của EXID mà còn copy phong cách và thời trang của G-Dragon trong nhóm nhạc Big Bang của Hàn Quốc.[10]